La réserve naturelle régionale d’Aulon est constituée d’une mosaïque de milieux, qui résulte d’une histoire géologique complexe avec la présence de substrats calcaires, schisteux et granitiques. Les pentes abruptes et les expositions variées créent des microclimats locaux qui favorisent le développement de communautés végétales et animales spécifiques et exceptionnelles.

La réserve naturelle d’Aulon abrite quatre milieux d’une importance écologique majeure, particulièrement vulnérables aux changements environnementaux :

• Les pentes rocheuses et éboulis : ces habitats abritent des espèces adaptées aux conditions extrêmes, telle que le Monticole de roche (Monticola saxatilis).
• Les combes à neige : ces dépressions naturelles, où la neige persiste longtemps (minimum 220 jours), abritent une flore et une faune extrêmement spécialisées comme le Saule réticulé (Salix reticulata) ou la Sibbaldie couchée (Sibbaldie procumbens) adaptées au froid et à l’humidité. Elles jouent un rôle crucial dans la régulation du régime hydrologique.
• Les zones humides (Bas-marais) : forment un réseau complexe d’écosystèmes aquatiques. Ces milieux abritent une biodiversité exceptionnelle, notamment des amphibiens, des odonates comme et de nombreuses espèces végétales rares. Ils contribuent également à la purification de l’eau et à une restitution progressive durant la saison sèche. On y trouve l’Euprocte (Calotriton asper) et le Desman des Pyrénées (Galemys pyrenaicus).
• Les pelouses calcaires alpines et subalpines : ce type de végétation, caractéristique des hautes altitudes, est composé d’espèces herbacées adaptées aux conditions extrêmes parfois endémiques (Androsace des Pyrénées, Androsace pyrenaica, Géranium cendré, Geranium cinereum). Les pelouses alpines jouent un rôle important dans la lutte contre l’érosion des sols et abritent une communauté d’invertébrés spécifique, source de nourritures pour de nombreux oiseaux (Lagopède alpin, Lagopus mutus…)